Die Kaiserin Aelia Pulcheria liess eine Kirche in der Nähe von einem Brunnen des Heiligen Wassers (griechisch: Hagiasma) bauen. Die Panagia Blachernai Kirche lag außerhalb der Mauern von Theodosius II von Konstantinopel. Nach ihrem Tod 453 wurde der Schrein von ihrem Gemahl, Kaiser Markian abgeschlossen. Der Nachfolger Kaiser Leo liess zwei andere Gebäude neben der Kirche errichten. Ein Parekklesion , mit dem Namen Hagia Soros (Heilige Reliquiar), und das Gebäude Hagion Lousma (Heilige Wanne), wo der Brunnen eingeschlossen wurde. Die Bedeutung von den ganzen Komplex erhebte den Wert der Umgebung. Dieser Grund ermutigte die Kaiser in späteren Jahrhunderten den kaiserlichen Palast Blachernae um die Kirche bauen zu lassen.
Die Blachernenkirche beherbegte eine berühmte Ikone der Jungfrau Maria, die nach der Kirche Blachernitissa bennant wurde. Die Ikone, auf Holz gemalt, war mit Gold und Silber vergekleidet. Diese Ikone war der mächtigste Talisman der Byzantinern, als Schutzobjekt gegen Gefahren der Kriegen oder von Naturkatastrophen. So auch war die Bedeutung der Reliquien der Jungfrau Maria in der Kapelle. Nach der lateinischen Invasion von 1204 wurde die Kirche durch die lateinischen geistlichen besetzt und direkt dem Heiligen Stuhl unterstellt. Bereits vor dem Ende des Lateinischen Kaiserreichs erlöst John III Dukas Batatzes die Kirche und viele Klöster für die Orthodoxen im Austausch für Geld. Am 29. Februar 1434, erlebt die Anlage ein Brand. Erst im 1867 wird an der Stelle nochmal eine kleine Kirche Kirche errichtet.
Die kleine Kirche der die Hagiasma umschließt hat einen trapezförmigen Plan abgeschrägtes Dach und ist mit Ikonen und Fresken geschmückt. Es wird geglaubt, dass der Heilige Brunnen heilende Kräfte hat. Deshalb ist die Panagia Blachernai Kirche immer ein beliebtes Ziel für Orthodoxen und Muslimen.
